co.kr 과 .com의 차이는 거의 없으며 도메인 관리주체의 차이입니다.

kr 과 co.kr 은 대한민국 국가에서 관리하는 도메인 체계이며, com,net,org 는 국제도메인으로 전세계가 공용으로 쓰기 위한 도메인 입니다. 

co.kr에서 co 라는 말은 company (회사) 라는 말의 약자이고
kr 이라는 글은 korea (다 아시죠 ??) 의 준말입니다

그러니까 도메인이 .co.kr 로 끝나는 웹사이트는 전세계 누가 보더라도

"아 !! 이 사이트는 대한민국에 국적을 둔 한국 회사가 운영하는 사이트이군 !!"

하고 느끼게 되는 것입니다.

.com 을 사용하면 전세계 어디서나 통용이 되니까 어딘지 모르게 국제적으로 느껴지고 또 하나는 co.kr 보다 짧아서 발음하기 좋고 부르기 좋고 외우기 좋다는 점입니다.

그래서 .com 도메인은 바닥이 나서 새로 도메인 이름 짓기가 난감합니다.

결론적으로 말해 두 도메인의 차이는 웹사이트를 운영한다는 측면에서 본다면 아무런 차이가 업지만... 마켓팅 적인 측면에서 본다면 차이가 나는 것입니다.

최근에는 .biz, .info 와 같은 추가적인 도메인도 계속 생성되고 있으나 운영적인 측면에서 co.kr, kr 이나 com,net 도메인이 관리가 편리하므로 이러한 도메인을 사용하시는 것이 좋습니다.